يتضمن عمل هذة الشعبة :-
- تدقيق كافة المعاملات قبل وبعد الصرف
- الاطلاع على سجلات الحسابات والرواتب والمخزن
- تدقيق مستندات الصرف والقيد ومستندات الادخال والاخراج المخزني
- تدقيق الرواتب والمخصصات
- تدقيق اجور المحاضرات للدراسات الاولية والعليا
وتضم الشعبة مجموعة من الوحدات
- وحدة التدقيق الاداري
- وحدة التدقيق المالي