يسعى القسم العلمي الى تسجيل الحضور الأكاديمي والعلمي وحتى العملي في الساحة المحلية والدولية. فاعتمادية المختبرات العلمية ضمن المعايير الوطنية اولا والعالمية ثانيا تطبيق نظم الدراسة والتدريس المتقدمة ومواكبة اخر المتسجدات في هذا المجال وخصوصا التعليم الالكتروني. دراسة التجارب الحديثة في التعليم والانفتاح على تطبيقها بما يتناسب مع المعايير المتغيرة للمتطلبات العلمية والعملية. التخطيط لبناء دراسات عليا في القسم العلمية وبمعايير جودة رائدة من خلال اعداد المستلزمات المادة من مختبرات وغيرها والاحتياجات العلمية من بحوث وباحثين ومشرفين يمتلكون خط بحثي متميز ونشر علمي عالمي.
ان اهم ما يسعى اليه القسم العلمي هو محاكاة الحاجة الحقيقية المتغيرة للمجتمع الهندسي الطبي في اقسامه المختلفة الاهلية او الحكومية او حتى العالمية وهذه المحاكاة للحاجة المتغيرة تكون من خلال تغيير المناهج وتطويرها بما يتناسب مع المتغيرات المختلفة ابتداءا من الحاجة المتغيرة وصولا الى القفزات التكنلوجية المختلفة في مجالات العلوم الطبية.
ان التواصل مع هذا النوع من المتغيرات وتحقيق أثره في المهندس المتخرج هو السبب الرئيس الذي يدفع القسم العملي الى الانفتاح على العالم الخارجي من خلال التواصل مع اخر مستجدات وتطورات العلوم الطبية من خلال المشاركة بالندوات والمؤتمرات العالمية واقامة ورش العمل المتنوعة والفعاليات الطلابية المتنوعة
- تخريج مهندس يتميز بمعرفته العلمية والعملية للتطبيقات الهندسية في المجالات الصحية والطبية كافة، وان تكون له المعرفة المتميزة بحيث تمنحه القدرة على تصميم وتطوير وصيانة وتشغيل الاجهزة الطبية الحديثة بما يساهم في رفد الحركة العلمية والطبية والمساهمة في اجراء البحوث ذات العلاقة بالجانب الطبي والحياتي.
- تخريج مهندس قادر على تطبيق المفاهيم التشخيصية والعلاجية المتقدمة المرتبطة بالتقنيات الهندسية الحديثة في المجال الطبي.
- اعداد ملاكات هندسية ذات خلفية طبية جيدة تمكنه من التواصل مع جميع اطراف المجتمع الطبي لتغطية متطلبات وزارة الصحة العراقية لهذا الاختصاص.
- المساهمة في استحداث هذا التخصص النادر في الدول العربية.
- العمل على تكثيف استخدام الحاسب الالي في كافة المجالات الطبية وذلك بتحديث البرمجيات القائمة وتطويرها، وابتداع نظم حاسبات جديدة تكون موجهة اساساً الى مساندة الطبيب في اداء مهمته التشخيصية والعلاجية بأساليب متطورة.
- تهيئة شخصية علمية هندسية تستطيع التواصل مع متطلبات سوق العمل من القطاع الاهلي او الحكومي في المجال الهندسي الطبي ذاتية التطور والتطبع وحسب العرض والطلب.